ZEKOS basiert auf einer Client-Server-Struktur. Der Server ("Hauptrechner") bildet den eigentlichen Kopf des Systems. Alle Clients (die Bedienplätze) erhalten ihre Daten zentral von diesem Server. Damit ist eine zeitfolgerichtige Darstellung der Daten gewährleistet. Die Kommunikation zwischen den ZEKOS-Komponenten erfolgt über das TCP/IP-Protokoll. Dies ermöglicht einen Einsatz im Internet wie auch in Intranet-Netzwerken.